Embarquez pour un tour d’horizon du monde végétal : les 2 classifications (partie 1)

J’ai pris en compte vos réponses à mon questionnaire et comme j’y ai noté un besoin récurrent de vulgarisation des connaissances botaniques, je vais écrire des séries de petits cours de botanique pour vous aider à identifier facilement les plantes à cueillir.

Je vais commencer par une introduction en 3 articles où je voudrais d’abord poser le cadre de la classification des plantes dans ce 1er article, puis je vous inviterai à découvrir un panorama des 5 grands groupes de végétaux qui peuplent notre belle planète.

Parmi les grands groupes de végétaux : bryophytes, gymnospermes et angiospermes


La classification classique est-elle périmée ?

Les êtres vivants étaient autrefois regroupés selon l’observation de leurs caractéristiques morphologiques et chimiques, sensées être représentatives de leur lien de parenté. Ce système de parenté est la classification classique et la science qui l’étudie s’appelle la taxonomie, l’art de regrouper les êtres vivants en taxons (= en groupes). Elle classait tous les êtres vivants en un gigantesque arbre de la vie, partant d’un unique ancêtre commun, chaque branche représentant une grande famille d’êtres vivants, divisée en branches plus petites. Cet arbre s’est extraordinairement complexifié au fur et à mesure de l’évolution de la vie !

fraisier, poirier et pommier : des Rosacées parentes dans la classification classiqueCe système de classification revienait à dire : « vous devez être frère avec cette personne car vous vous ressemblez beaucoup et vous devez être cousin avec celui-ci car vous vous ressemblez un peu moins » ou « les pommiers sont plus proches de poiriers que des fraisiers, il n’y a qu’à regarder la forme de leurs fruits ». C’est le principe des arbres généalogiques.

Précisons que cette approche a produit un système cohérent, même si de nombreux détails ou limites de familles posaient question. C’est cette classification que j’ai apprise sur les bancs de la fac et qui provient de botanistes comme Linné.

Mais suite à certains progrès génétiques récents, cette classification est peu à peu abandonnée par les botanistes même si beaucoup de gens l’utilisent encore pour sa simplicité d’accès, notamment grâce à son vocabulaire qui correspond assez bien aux termes employés dans le langage courant. Elle n’est donc pas vraiment périmée car elle reste pratique, mais le deviendra progressivement.

« Phylogénétique », quel est ce gros mot ?

Aujourd’hui, grâce aux progrès de la génétique, on a redéfini plus exactement les liens de parenté entre les êtres vivants : c’est la classification phylogénétique, dite « moderne ». Un phylum, c’est un groupe d’êtres vivants et cette science se base sur les études génétiques pour établir sa classification.

classification phylogénétique des algues et des végétaux supérieursCela reviendrait à dire : « notre labo d’analyse génétique est formel : vous êtes bien frère et sœur même si vous ne vous ressemblez pas beaucoup… » ou « les algues vertes sont en fait génétiquement plus proches des végétaux supérieurs que des algues brunes et des algues rouges ».

Des taxons ont donc été confirmés, certains ont été modifiés ou rapprochés, d’autres ont explosé ou encore ont fusionné, avec parfois des surprises. Le mot « algue » regroupe en fait plusieurs taxons très différents et l’organisation interne de ces taxons en sous-taxons a été pas mal bouleversée par rapport à ce que croyait la classification classique.

Attention, n’allez pas imaginer que cette classification phylogénétique est ultime et définitive : pas mal de questions se posent aussi et les recherches se poursuivent. Pour les plantes à fleurs, on en est déjà à la 3e version de cette classification.

Pour en savoir plus sur l’arbre de la vie et voir des images belles et surprenantes, je vous conseille d’aller visiter le site Trea of Life.

Dans cette intro en 3 articles, par souci de simplicité et sans rentrer dans des considérations qui n’ont pas d’intérêt pour les non-spécialistes, je vais donc rester assez proche de la classification classique.

Ces boîtes qui contiennent d’autres boîtes

la classification phylogénétique a reconstruit l'arbre de la vieLes premiers êtres vivants apparus dans la longue histoire de l’évolution sont les bactéries (partie basse de l’arbre ci-contre, cliquez pour l’agrandir).

Les êtres vivants qui ne sont pas des bactéries (partie haute de l’arbre à partir de l’algue brune) sont rangés dans une grande boîte portant l’étiquette Eucaryotes = ceux qui ont un vrai noyau cellulaire pour ranger leur ADN.

Dans la classification classique, les eucaryotes sont divisés en 4 règnes (des boîtes dans la grande boîte) où sont rangés :

  • les microscopiques protistes (groupe très hétérogène),
  • les champignons et apparentés,
  • les végétaux,
  • les animaux.

Un des points communs entre tous les végétaux est qu’ils fabriquent leur nourriture grâce à l’énergie du soleil par un processus nommé photosynthèse. Elle permet de fabriquer du sucre (le glucose) qui est la base de l’amidon mais aussi de la cellulose et de la lignine, éléments constitutifs du bois. Ce processus consomme de l’eau et du dioxyde de carbone (gaz à effet de serre) et rejette du dioxygène (celui que végétaux et animaux utilisent pour respirer). C’est pour ça qu’on dit que les forêts et le phytoplancton des océans sont les poumons de la planète.

La boîte des végétaux

classification des 5 sous-règnes du monde végétalLe groupe des végétaux contient lui aussi des boîtes où sont rangés des groupes de plantes, eux-mêmes divisés en sous-groupes, etc. Pour faire simple sans détails phylogénétiques, le règne végétal est divisé en 5 sous-règnes :

  • les algues rouges, brunes et vertes (nombre variable selon la classification à laquelle on se réfère), photo de gauche ci-dessous,
  • les mousses, alias Bryophytes (15 600 espèces), photo de droite dans la bannière de l’article,
  • les fougères, alias Ptéridophytes (12 000 espèces), photo de droite ci-dessous,
  • les conifères, alias Gymnospermes = graines nues (1 000 espèces), photo de gauche en bannière,
  • les plantes à fleurs, alias Angiospermes = graines couvertes (235 000 espèces), photo du milieu en bannière.

« Phyte » vient de « phyto » en grec qui veut dire plante (phytothérapie = soin par les plantes).

Le groupe des Angiospermes est aujourd’hui le plus diversifié grâce à plusieurs avantages évolutifs dont je parlerai plus tard dans la partie 3.

algue brune, Chromophycée, et fougère, Ptéridophyte

A propos du mot « espèce »

Le mot espèce désigne un groupe d’êtres vivants qui peuvent se reproduire entre eux et donner des descendants fertiles. Si les descendants sont systématiquement stériles, comme le mulet issu de l’accouplement du cheval et de l’âne, alors ce sont donc des espèces proches mais bien distinctes.

Cette définition a été une grande avancée pour l’égalité de tous les êtres humains il y a quelques siècles : nous faisons tous partie de la même espèce, du pygmée au grand Norvégien, car peu importe leurs origines, tous les humains peuvent avoir des enfants fertiles ensemble.

Chaque langue désigne un être vivant par un ou plusieurs noms communs. Mais en botanique, comme dans les autres sciences du vivant, on désigne un être vivant par 2 mots latins reconnus par la communauté scientifique internationale : le nom de genre suivi du nom d’espèce, le tout en italique. On parle d’appellation binominale.

Comme ça, même si nos langues sont différentes, il y a une référence commune pour parler d’une espèce : le latin.

Le genre est le niveau hiérarchique immédiatement supérieur à l’espèce (la boîte qui contient plusieurs espèces). Pour nous les humains (human, humano, Mensch, Quichua, etc), Homo sapiens en latin, notre genre c’est Homo et nous sommes rangés dans cette boîte avec toutes les autres espèces d’hommes qui ont existé : Homo habilis, Homo erectus, etc.

Un petit peu de cladistique pour finir

Les principaux niveaux hiérarchiques entre le règne et l’espèce sont les suivants :

Règne > Embranchement > Classe > Ordre > Famille > Genre > Espèce > Sous-espèce.

Ne soyez donc pas surpris ni intimidé si vous tombez sur ces mots ailleurs, dans des articles ou des livres de botanique. Les niveaux Embranchement et Classe ont été tellement bouleversés par la phylogénétique qu’elle les a abandonnés et remplacés par Clade, mot qui s’applique à tous les niveaux hiérarchiques entre le Règne et l’Ordre. La taxonomie est une science très compliquée…

Ce qu’un néophyte doit retenir…

fleurs de fenouil en ombellesCe sont les noms communs des espèces en français (et éventuellement le genre et l’espèce en latin), ainsi que le nom de la famille car les plantes d’une même famille ont souvent des caractéristiques facilement identifiables et des utilisations ou toxicités similaires, qui leur ont parfois valu leur nom de famille.

Par exemple, les Ombellifères (Apiacées dans la classification moderne) ont toutes des fleurs en ombelles (voir Glossaire) comme le fenouil sauvage (ci-contre), la criste marine, la carotte sauvage ou la toxique ciguë.

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Dans les 2 prochains articles de cette introduction à la botanique, nous passerons en revue les 5 sous-règnes des végétaux ainsi que leurs principales caractéristiques, avec des exemples de plantes utilisables. Je vais en parler dans l’ordre d’apparition au cours de l’évolution, ça me semble plus logique.

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N’hésitez pas à me dire ce que vous avez pensé de ce premier article de vulgarisation botanique dans les commentaires et si tout était bien compréhensible. Je souhaite que cela soit le plus clair possible et accessible à tous.

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10 réflexions au sujet de « Embarquez pour un tour d’horizon du monde végétal : les 2 classifications (partie 1) »

  1. Fred de Ecrire... et s'enrichir !

    Merci beaucoup pour cet article Jérémie, tu as des connaissances encyclopédiques en botanique.
    Cet article est ainsi très intéressant, mais pour des débutants comme moi, c’est déjà largement suffisant !
    Une chose m’étonne : sur les bancs de la fac c’est encore la classification classique qui est enseignée alors que l’on peut envisager qu’elle va bientôt disparaître au profit de la classification moderne ? Pas très moderne la fac !
    A bientôt, Fred

    Répondre
    1. Jérémie Auteur de l’article

      Salut Fred et merci pour ton commentaire !

      Pas très moderne la fac ! C’est parce que c’était une fac de province… Je plaisante !
      C’est parce que j’étais à la fac il y a 8-10 ans et que c’était les tout débuts de la révolution génétique (ils peinaient encore à séquencer le génome humain, alors que c’est chose faite aujourd’hui). Du coup, on nous enseignait la classification classique qui était solide et cohérente, ce qui n’était pas encore le cas de la phylogénétique (aujourd’hui ça a changé et elle est bien sûr enseignée). Et puis toutes les connaissances anciennes n’ont été invalidées, beaucoup sont encore d’actualité.
      La phylogénétique est une branche de la science qui est encore toute jeune et qui va encore beaucoup évoluer.
      A bientôt,
      Jérémie

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  2. Aurelien

    Bonjour Jérémie,
    Très bon article, complet et clair. Je me suis toujours demandé si il y avait une différence entre une sous espèce et une variété chez les plantes. Tu pourras peut être me répondre.
    Merci aussi de nous avoir fait découvrir Tree of life, site impressionnant !
    A bientôt
    Aurélien

    Répondre
    1. Jérémie Auteur de l’article

      Salut Aurélien,
      Au sein d’une espèce, des groupes se distinguent (morphologies, couleurs, fixation de certains caractères…) pour des raisons géographiques ou écologiques, mais ces différences ne sont pas encore assez importantes pour empêcher la reproduction avec descendants fertiles. Ce sont des sous-espèces. Par exemple, certaines des 1200 sous-espèces du pissenlit, Taraxacum officinale, ont des dentelures de feuilles différentes, certaines ayant des feuilles entières.
      Pour les variétés au sein d’une espèce, ce sont des groupes de plantes naturellement différents à cause de variations génétiques. Quand ces différences ont été sélectionnées par l’homme, on parle de cultivar. Un simple gène peut coder pour une couleur de pétales rose, rouge, noir, jaune, etc. chez les roses. Alors que le reste du génome est toujours identique et que les plantes peuvent donner des descendants fertiles (d’ailleurs on continue à les croiser, à les sélectionner, etc.).
      J’espère avoir été clair dans ma réponse,
      A bientôt,
      Jérémie

      Répondre
  3. Gilles

    Bonjour Jérémie,

    Merci pour cet article super complet et compréhensible.
    J’avoue avoir un peu de mal à comprendre la botanique quand c’est trop pointu. Mais là, j’ai à peu près tout pigé…
    Vivement tes prochains articles de vulgarisation botanique.

    Et bonne année !

    Répondre
    1. Jérémie Auteur de l’article

      Bonjour Gilles et merci pour tes vœux ! Très bonne année à toi aussi !
      Tant mieux si cet article t’a plu et était compréhensible (j’avais un peu peur qu’il soit trop long et un peu trop technique). Les autres articles sont en préparation mais les fêtes m’en ont un peu distrait…
      Jérémie

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  4. ben@location bennes nice

    Salut a tous !!

    Pour commencer bonne année et meilleurs voeux, moi je suis un amoureux de la nature je fais des balades en foret presque tous les week end..

    Je trouve ton blog trés instructif, pour ma part j’ai appris pas mal de choses.

    Merci

    Répondre
    1. Jérémie Auteur de l’article

      Bonsoir Ben et merci pour tes voeux 😉 Bonne année à toi aussi ! Je te souhaite de belles balades et d’intéressantes découvertes ici et ailleurs.
      Jérémie

      Répondre
  5. amelie@blog bio

    Les bactéries ont toujours existé et tu dis vrai, en tout j’ai du questionné pas mal de fois le dictionnaire pour lire jusqu’à la fin ton article qui m’a paru difficile à comprendre :).

    Répondre

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